桓玄篡位之际，北府兵将领刘裕毅然率兵反击，直指建康。桓玄无力回天，只得携晋安帝仓皇逃离。随后，桓玄遭遇不测，刘裕成功迎接晋安帝复位。然而，这东晋的皇座对于刘裕而言，不过是个空壳，真正的权力已牢牢掌握在他的手中。
刘裕出身贫寒，年少时便承担起家庭的重担，劳碌于田间地头。成年后，他投身军旅，凭借出色的军事才能和坚韧的意志，屡立战功，特别是他在迎回晋安帝的战役中表现出色，赢得了名利双收，更被誉为东晋的英雄。然而，对于有着更大野心的刘裕来说，这远远不能满足他的欲望。
由于出身卑微，刘裕在士族大家中缺乏支持。为了稳固自己的地位，提高威望，为将来的篡位之路铺平道路，他决定北伐，以扩大势力范围，积累政治资本。
公元409年，刘裕率大军从建康出发，踏上了北伐的征程。他的首个目标便是南燕。南燕国君慕容超，虽才智过人，但治国无方，整日沉迷于搜刮民财和狩猎之中。面对刘裕大军的压境，慕容超惊慌失措，手足无措。他的大臣们提出了三个应对策略：一是直接迎战，这是下策；二是坚守城池，消耗刘裕军力，这是中策；三是避其锋芒，利用地形和兵力优势截断刘裕的粮道，再行反击，这是上策。然而，慕容超对军事一窍不通，最终选择了最直接也最危险的下策，结果自然是惨败于刘裕之手。
慕容超眼见南燕危在旦夕，急忙向邻国后秦求援。后秦国主姚兴虽然担忧刘裕的势力，担心南燕被灭后会危及自身，但仍决定派兵相助，以增强南燕的抵抗力。他派使者至晋军大营，声称已在洛阳布下重兵，暗示如果刘裕执意进攻南燕，后秦将出兵援助。
面对后秦的警告，刘裕不以为意，他对使者轻描淡写地回应：“我此次只为平灭南燕，无意与后秦为敌。但如若你们非要插手，那我便一并收拾，也免得日后多费手脚。”使者离开后，有人忧虑刘裕的话会激怒姚兴，引发后秦的军事行动。然而，刘裕却胸有成竹，他深知后秦正忙于与夏国的战争，无暇他顾。
事实正如刘裕所料，后秦确实没有多余的兵力来干涉刘裕的行动。不久后，刘裕成功灭掉了孤立无援的南燕。
几年后，刘裕再次挥师北伐，目标直指后秦。他留下尚书左仆射刘穆之管理朝政，自己则亲率大军北上。前锋檀道济和王镇恶顺利攻下洛阳后，本打算等待主力部队会合后再深入后秦境内。然而，他们见后秦内乱频发，潼关守军薄弱，便决定分兵两路直取潼关。然而，由于后秦军的顽强抵抗，檀道济和王镇恶陷入了僵持。
公元417年，刘裕亲自率军北上。后秦国主姚泓见势不妙，向北魏皇帝拓跋嗣求援。拓跋嗣见有机可乘，决定出兵助秦抗晋。他在黄河北岸集结了十万大军，对刘裕的部队形成了威胁。
面对北魏的威胁，刘裕命令水军沿黄河前进。然而，北魏骑兵在岸边紧紧跟随，不断骚扰晋军。风浪中，不少晋军战船被冲至北岸，士兵落水。北魏骑兵趁机发动攻击，但每当晋军上岸追击时，他们又迅速撤退。这种战术让晋军将士们晕头转向，不知所措。
刘裕见状大怒，决心狠狠打击北魏骑兵的嚣张气焰。他经过一番思考，设计了一个巧妙的战术。他命令一名将军带领一百辆兵车和七百名士兵登上黄河北岸，摆出一个奇特的阵型——却月阵。这个阵型呈半圆形，中间鼓起，两头紧靠河岸。阵中有一辆兵车插着白色羽毛作为标志。
北魏骑兵从未见过这种阵型，因此不敢轻举妄动。就在他们犹豫之际，晋军突然发动攻击。一百辆兵车上的士兵拉弓射箭，将冲在最前面的北魏骑兵射杀。随后，晋军又在阵后布置了锋利的长矛，装在大弓上。当北魏骑兵再次冲锋时，晋军士兵用大铁锤敲击大弓，长矛如流星般飞出，将数千北魏骑兵射杀。剩余的北魏骑兵见状惊恐万分，纷纷逃散。晋军乘胜追击，大获全胜。
刘裕凭借却月阵成功地给予了北魏骑兵沉重的打击，从而打通了黄河西进的通道，使得他的水军能够顺利地向西推进。之后，檀道济和王镇恶带领的步兵与刘裕在潼关成功会合，晋军声势浩大，势如破竹，很快便攻下了长安，将后秦彻底消灭。
公元419年，晋安帝驾崩，晋恭帝即位。此时，刘裕深感自己称帝的时机已经成熟，于是开始着手准备篡位事宜。他利用自己在朝中的威望和军中的实力，逼迫晋恭帝禅位于自己。
公元420年，刘裕正式登基称帝，改国号为宋，东晋王朝的历史就此终结。刘裕的称帝，标志着东晋末年长期的战乱和动荡终于结束，中国历史进入了一个新的阶段。